九洲药业研发中心是国家认定企业技术中心，在台州、杭州分别设有研究所，建有2个研发专用中试车间。研发中心以国际大型制药公司研发中心为标准，设有100余套标准实验室，拥有核磁共振、气质联用、液质联用等高端检测设备，研发内容涵盖化学药物和制剂等方向。

中心现有研发人员300 多人。中心建有博士后科研工作站和浙江省重点企业研究院以及浙江省院士工作站，并构建了完善的研发创新体系，研发实力居于国内同类企业领先水平。中心已建立多个高水平的化学合成技术平台，包括手性合成技术平台、氟化学技术平台、糖化学技术平台等；自主开发的手性催化剂、氟化学试剂、糖化学试剂等均处于国际领先地位。

中心现已申请发明专利200多项，获得授权发明专利100多项；在产品开发和技术创新方面均取得了突出的成绩，并得到了各级有关部门的肯定。在研发中心科研创新成果的基础上，九洲药业先后被认定为浙江省“三名”企业、浙江省专利示范企业、浙江省重点企业技术创新团队、浙江省创新型示范企业、浙江省产学研合作示范企业等，并获国家技术进步二等奖一项、省部级科技进步一等奖三项等荣誉。